空白对照（未染色的细胞）：用以区分细胞的自发荧光和特异性荧光，避免假阳性的结果。

同型对照：是指使用与实验抗体相同种属来源、相同剂量及同种免疫球蛋白的相同亚型的抗体作为对照，用于消除抗体非特异性结合到细胞上而产生的背景荧光。

生物学对照

阳性对照是为了检测荧光抗体是否有效，确保测量方法正确。

阴性对照：是指用已知不表达某种抗原的细胞作为样本检测。

单染（补偿）对照：用来调节补偿。

荧光减一对照（FMO）：圈定阳性群，低表达情况下，将阴阳性分开，便于设门。